У папуанских пингвинов сейчас начинается сезон размножения. Одна из важнейших задач – построить хорошее гнездо. В природе папуанцы делают его из мелких камешков (прибрежной гальки), травы и перьев. В зоопарке киперы предоставляют пингвинам материал для строительства.

Камешки, обрамляющие гнездо, птицы тщательно охраняют, и их кража может быть поводом для ссор и даже драк между соседними парами. Иногда камешки могут служить своеобразным подарком, который самец преподносит самке во время брачного периода.

Гнездовой сезон папуанских пингвинов начинается с конца июня и может длиться до ноября и даже декабря в зависимости от конкретных климатических условий в определенной части ареала.

Самка откладывает в гнездо 2 белых яйца, весом в 130 г. каждое с интервалом в 3-4 дня. В насиживании принимают участие оба родителя, сменяясь несколько раз в течение суток. Инкубационный период длится 34-36 дней. Несмотря на интервал в откладке яиц, вылупление птенцов происходит одновременно, поскольку родители приступают к насиживанию после завершения кладки. Птенцы остаются в гнезде в течение 30 дней. При достаточном количестве корма родители выкармливают обоих птенцов. В месячном возрасте птенцы покидают гнездо и вместе с птенцами соседних пар образуют «детский сад», обеспечивающий защиту молодым, в то время, когда родители охотятся в море. В возрасте 100 дней молодые надевают «подростковое» оперение и уходят в море.

Половозрелыми папуанские пингвины становятся в возрасте 2-х лет.